IKEUCHI ORGANICのタオルの製造工程は、原材料のオーガニックコットンを育てることからはじまります。bioRe PROJECT（スイスREMEI社）の管理のもと、現地の農家たちは有機農法でコットンを栽培。春にまいた種は四方に枝葉を伸ばしながら６０cmほどの背丈に成長し、夏にはレモン色の花を咲かせます。

各農家が収穫したコットンは、集積場に集めて重量計測されます。このコットンを、bioRe PROJECTがオーガニックコットンの市場価格に１５％のプレミアム価格をつけて買い取ります。このプレミアムは、過去５年のコットンの価格の平均値を元に、農家の代表者と決定した価格です。

農家がそれぞれの畑で栽培した微妙に風合いの異なるコットンを、均一な品質になるよう混ぜ合わせ（混打）、細かいゴミや短繊維を取り除いたら、一定の太さに引き伸ばしていきます（練条）。これに軽く撚りをかけながらさらに細く伸ばした後（粗紡）、精紡工程において、所定の撚りと太さの糸に加工されます。

日本に上陸した原糸は、素の状態です。例えば、この素の状態の単糸を２本の糸（双糸）に撚り合わせる場合に行うのが撚糸加工。コーンと呼ばれる円錐形の管に巻かれていた糸は、この工程を経た後で、加工がしやすいように円筒形のチーズ巻きに巻きかえられます。

加工を終え、木管に巻かれた糸がはじめてIKEUCHI ORGANICの本社工場に届きます。糸は約５００本設置可能なクリールと呼ばれる機械にセットされ、織機にかけるための大きな「伸べ（ビーム）」という糸巻きに巻き取られます。一本一本設計図に基づいて並べられた糸に、適度なテンションをかけて巻き取ることで、様々な表情のタオルを織る基本となる伸べができあがります。

糸についた糊を洗い流した後は、真っ白な生地を染色していきます。染料には重金属を含まない反応染料を使用します。反応染料の使用での環境負荷は排水が最大の問題ですが、COD１２ppm以下の排水浄化設備で瀬戸内海の厳格な基準をクリアしています。
西日本最高峰の石鎚山系地下水（ヴァージンウォーター）をたっぷり使って染色、洗浄を終えた生地は、乾燥機にかけられてパイルが立ったしっかりとした風合いに仕上げられます。

完成したタオルは、一枚一枚厳格な基準に沿って検品されます。織り傷がないか、パイル抜けがないか、汚れがついていないか、変形していないか。丁寧に検査して基準にクリアしたタオルだけが、IKEUCHI ORGANICのタオルとして工場から出荷されていきます。